La citometría de flujo es un método de cuantificación en el que las células suspendidas en un líquido son pasadas individualmente al frente de una fuente de luz intensa monocromática (un láser), de modo que estas la dispersan y se obtienen datos de la luz reflejada y de fluorescencia. Generalmente, se tiñen las células para agilizar y facilitar el proceso.
Es una técnica sensible, específica y rápida que permite examinar propiedades de un gran número de células en poco tiempo y de forma económica y fácil. La gran variedad de aplicaciones de los citómetros de flujo hace que sean muy flexibles, con lo que la posibilidad de obtener resultados erróneos también es mayor (difícil selección y estabilidad de los fluorocromos, inadecuada selección del voltaje para la lectura, etc.).
Algunas de las muchas aplicaciones de la citometría de flujo son: detección e identificación de M.O. (p.ej. detección de bacterias o virus que son viables pero se encuentran en un estado no cultivable, por lo que no son detectables por métodos convencionales), estudios de susceptibilidad o resistencia a medicamentos, detección temprana de enfermedades infecciosas, estudios de adaptación y evolución de las diferentes comunidades de bacterias involucradas en la degradación de hidrocarburos, etc.